Browsing by Author "สุดารัตน์ ศรีส่ง"

Now showing 1 - 1 of 1
  • Thumbnail Image
    Item
    การตรวจสอบซีไรไทป์ของเชื้อซาลโมเนลล่าโดยใช้เทคนิคทางอณูชีววิทยาสำหรับเฝ้าระวังทางระบาดวิทยาในภาคเหนือตอนบนของประเทศ
    (มหาวิทยาลัยพะเยา, 2023) สุดารัตน์ ศรีส่ง
    Salmonella spp. จัดเป็นแบคทีเรียที่ก่อโรคในมนุษย์ซึ่งก่อให้เกิดโรคในระบบทางเดินอาหาร หรือที่เรียกว่า Gastroenteritis การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนากระบวนการหา serotype ของเชื้อ Salmonella spp. (Salmonella typing) อย่างรวดเร็วโดยใช้เทคนิคโมเลกุลต่าง ๆ ได้แก่ HRM-PCR CRISPR 2, verulotype analysis และ CRISPER 1 ร่วมกับ CRISPR 2 รวมถึงศึกษาลักษณะการแพร่กระจายของ Salmonella spp. (Salmonella transmission routes) ในภาคเหนือของประเทศไทย โดยเฉพาะจังหวัดพะเยา การศึกษาประเมินประสิทธิภาพของกระบวนการ Salmonella typing โดยวิธี HRM-PCR ใช้ primer 3 ชนิด (fljB, gyrB, ycfQ) พบว่า การประเมินหา Salmonella serotype จากผู้ป่วย จำนวน 43 ตัวอย่างสามารถระบุ Salmonella serotype ที่มีการกระจายมากที่สุด คือ S. 4,5,12:i:- จำนวน 16 อย่าง, S. Enteritidis จำนวน 5 ตัวอย่าง และ S. Stanley จำนวน 3 ตัวอย่างตามลำดับ และในการระบุ Salmonella serotype ด้วยวิธีการ HRM-PCR จำเป็นต้องมี Standard control Salmonella ที่ทราบ serotype จากวิธี conventional serotyping) เพื่อให้ได้รูปแบบ HRM ที่จำเพาะต่อ Salmonella serotype นอกจากนี้พบว่า 8 ตัวอย่าง (Unknown) มีลักษณะ HRM patterns เฉพาะตัว แต่ไม่สามารถระบุ Salmonella serotype ได้ และไม่สามารถวิเคราะห์ตัวอย่าง จำนวน 5 ตัวอย่างได้เนื่องจากรูปแบบ HRM patterns ใกล้เคียงกัน ส่วนวิธี CRISPR 2 และ verulotype analysis เพื่อตรวจสอบตัวอย่างเชื้อทั้งหมด 59 ตัวอย่างจากผู้ป่วย จำนวน 43 ตัวอย่าง และจากสัตว์ 16 ตัวอย่างโดยวิเคราะห์จากรูปแบบความแตกต่างของ MLVA 5 แบน และขนาดของ CRISPR 2 (500-2,000 bps) จำนวน 1 แบนจาก Agarose gel electrophoresis พบว่า S. 4,5,12:i:-, S. Typhimurium S. Enteritidis และ S. Derby มีรูปแบบ MLVA ขนาดของ CRISPR 2 ที่จำเพาะแต่ S. Weltevraden และ S. Stanley มี 2 ขนาด CRISPR 2 ที่แตกต่างกัน โดยการวิเคราะห์ 8 ตัวอย่าง (unknown ; HRM-PCR) จำเป็นต้องทำการ sequencing CRISPR 2 (CRISPR 2 fragments) และเปรียบเทียบกับข้อมูลขนาดของ ของ WGS ที่ทราบ Salmonella serotype (Insilco analysis) ผลการวิเคราะห์ Salmonella serotypes ตรงกับวิธีมาตรฐาน (Conventional serotyping) และจากการวิเคราะห์ Virulence gene (7 genes) สามารถแยก S. 4,5,12:i:- ได้ 2 รูปแบบ (Subtypes) โดยดูที่ความแตกต่างของการพบ sopE1 gene ในจีโนม ซึ่งพบว่ามี sopE1 จำนวน 8 ตัวอย่าง และไม่มี sopE1 จำนวน 10 ตัวอย่าง และวิธีการสุดท้ายการประเมินความแตกต่างของ CRISPER 1 ร่วมกับ CRISPR 2 ในรูปแบบเจล และการทำนายขนาด DNA fragments ของ CRISPER 1 ร่วมกับ CRISPR 2 (In silico analysis) โดยใช้โปรแกรม WGS (Mega 6) ร่วมกับโปรแกรม CRISPR Cas Finder พบว่า แถบ DNA ส่วน CRISPER 1 และ CRISPR 2 จากการทดลองจริงมีความสอดคล้องกับขนาดของ CRISPER 1 และ CRISPR 2 ที่ได้จาการวิเคราะห์ WGS จาก Public database มาตรฐาน งานวิจัยนี้สรุปได้ว่าวิธี CRISPER 1 ร่วมกับ CRISPR 2 เป็นวิธีการที่มีประสิทธิภาพมากที่สุดสำหรับการวิเคราะห์ Salmonella serotype เนื่องจากวิธีการดังกล่าวมีความง่ายในการปฏิบัติการ ง่ายในการอ่าน และวิเคราะห์ผล ใช้เวลาน้อย และราคาต่ำ